Los notoungulados, el grupo de mamíferos al que pertenece Protypotherium, conocidos en América del Sur desde el Paleoceno. Sin embargo, el género Protypotherium apareció durante el Mioceno temprano y se convirtió en uno de los tipoterios más abundantes de esa época.
Tenía un tamaño ligeramente superior al de un conejo actual, alcanzando alrededor de 40 cm de longitud. Presentaba un cuerpo alargado, cuello corto, cola relativamente larga y patas delgadas adaptadas para el desplazamiento terrestre. Su cráneo era estrecho y alargado, con un aspecto que recuerda superficialmente al de algunos roedores, aunque no estaba emparentado con ellos.
Su dentición estaba especializada para una dieta herbívora. Poseía incisivos desarrollados y dientes de corona alta, adaptados al desgaste producido por el consumo de vegetación abrasiva. Probablemente se alimentaba de pastos, brotes, hojas, raíces, flores y otros vegetales.
Las extremidades terminaban en robustas falanges unguales que sostenían fuertes garras. Estas estructuras sugieren que podía excavar sus propias madrigueras o aprovechar cuevas abandonadas por otros animales, ampliándolas y adaptándolas como refugio.
Entre los tipoterios relacionados con Protypotherium se encuentran Pseudotypotherium, Typotheriopsis y Mesotherium, todos integrantes de un exitoso linaje de mamíferos herbívoros exclusivamente sudamericanos que prosperó durante gran parte del Cenozoico.
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